On peut classer les codices en fonction de leur origine, leur époque, et leur contenu thématique: Si on privilégie l’origine, on les regroupe selon la civilisation à laquelle ils appartiennent: mayas, mixtèques, aztèques, tlaxcaltèques, etc. Si on préfère classer par époque, on tient compte de la conquête espagnole (1519-1521). Avant la conquête, on les appelle précolombiens, préhispaniques ou précortésiens. Après la conquête, on les appelle coloniaux et on mentionne si possible le siècle de réalisation. Classés par thèmes, on constate que les codices peuvent traiter de :
•    L’économie, avec des registres d’impôts ou du cadastre.
•    La politique, l’histoire, la vie des empereurs..
•    La religion avec, en particulier, les livres des sorts ou “tonalamatl” qui étaient utilisés par les prêtres pour leurs prédictions astrologiques.

Les manuscrits d'avant la conquête espagnole (1519 - 1521) étant parvenus jusqu'à ce jour sont moins de 15 actuellement. A noter que les Codices Mayas font partie des manuscrits précolombiens. La présente exposition est en mesure de vous présenter au choix 9 codices précolombiens : 

- Le Codex Borbonicus (Assemblée Nationale, Paris) 
- Le Codex Borgia (Bibliothèque Apostolique du Vatican)
- Le Codex Cospi (Bibliothèque Universitaire de Bologne)
- Le Codex Egerton-Becker (British Museum, Londres)
- Le Codex Fejéváry-Mayer (Free Public Musem, Liverpool)
- Le Codex Laud (Bodleian Library, Oxford)
- Le Codex Vaticanus B (Bibliothèque Apostolique du Vatican)
- Le Codex Vindobonensis (Bibliothèque Nationale de Vienne)
- Le Codex Zouche Nuttall (British Museum, Londres)

Les codices coloniaux sont plus nombreux que les précolombiens, on estime qu’il y en a plus de 500. Certains n’ont pas encore été étudiés par les chercheurs, car ils demeurent la propriété de communautés indigènes ou de collectionneurs particuliers, jaloux de préserver ce précieux héritage. La présente exposition est en mesure de vous présenter au choix 6 codices coloniaux :

- Le Codex Magliabechi (Bibliothèque Nationale de Florence)
- Le Codex Moctezuma (Musée National de Mexico)
- Le Codex Osuna (Biblioteca Nacional de México)
- Le Codex Ixtlilxochitl (Bibliothèque Nationale de Paris)
- Le Codex Vaticanus A (Bibliothèque Apostolique du Vatican)
- Le Codex Xicotepec (Musée National de Mexico)

Généralement, les codices coloniaux sont beaucoup moins riches en détails et montrent une claire influence occidentale dans le dessin. Exemple:

Seuls 3 codices mayas sur les 27 recensés par l’évêque inquisiteur Diego de Landa ont survécu aux flammes des autodafés. On estime pourtant que la civilisation maya a conservé son système d´écriture sur codex pendant plus de mille ans !

- Le Codex de Dresde (Sächsische Landesbibliothek, Dresde). D´après les spécialistes, le Codex de Dresde est le plus beau des codex mayas.
- Le Codex TroCortesianus (Museo de América de Madrid). Le Codex de Madrid est le mieux conservé et le plus long des 3 codex mayas avec ses 112 pages
- Le Codex Peresianus (Bibliothèque Nationale, Paris). Retrouvé dans une poubelle de la Bibliothèque Impériale de Paris, le manuscrit original est tellement détérioré qu´il est devenu intouchable.

Un quatrième Codex Maya semble avoir été découvert dans les années 1970. Ce  fragment de onze pages appelé Codex Grolier aurait été trouvé dans une grotte mais n’a pas été authentifié de façon formelle. Conservé dans un musée au Mexique, il n'est pas exposé aux yeux du public. Ses pages sont bien moins complexes que celles des autres codices, les dieux y sont grossièrement représentés. Chacune représente un héros ou un dieu, tourné vers la gauche. Le haut de page est marqué d'un nombre tandis que le bas de page gauche présente apparemment une liste de dates.