Nous ignorons le nom qui était attribué aux codex avant la conquête espagnole. Les codices peuvent porter le nom d'un collectionneur, comme le «Codex Laud», éventuellement celui du collectionneur et de l'éditeur, comme le «Codex Zouche-Nuttall». Certains portent le nom de l'endroit où ils sont conservés, comme le « Codex Vindobonensis», conservé à Vienne, ou le «Codex Borbonicus», conservé au Palais-Bourbon à Paris. La plupart des manuscrits coloniaux portent le nom de leur lieu d'origine, comme le «Lienzo de Tlaxcala». Enfin, certains sont connus sous plusieurs noms (le Codex Mendoza ou Codex Moctezuma) et d’autres sont même renommés par les scientifiques en fonction des nouvelles découvertes !